Die Anfänge einer deutschen Seemannsmission gehen auf das 19. Jahrhundert zurück und fußten auf Ideen und Überzeugungen von Johann Hinrich Wichern, wonach die Kirche ihre Fürsorge mehr als bisher den Nöten der Seefahrer widmen solle.
Am 14. Dezember 1895 wurde aus Mitgliedern des Centralausschusses für die Innere Mission der deutschen evangelischen Kirche die deutsche evangelische Seemannsmission Berlin gegründet, "Berliner Komiteé" genannt, ein Vorläufer der heutigen Stiftung.
1932 wurde die Organisation unter Deutsche Evangelische Seemannsmission (Mitteldeutscher Zweig) e.V. als Verein eingetragen, zu dessen Mitbegründern der Pastor Martin Niemöller gehörte. Der Mitteldeutsche Zweig wiederum gehörte nach Ende des 2. Weltkrieges zu den Gründungsmitgliedern des weltweiten Netzes der Deutschen Seemannsmission in Bremen.
Bedingt durch die deutsche Teilung war der Verein ab den 50er Jahren nicht mehr in der Lage, seine früheren Stationen in verschiedenen Hafenstädten zu halten. Sie wurden in das Netz der Deutschen Seemannsmission e.V. in Bremen integriert. Gleichwohl fühlte sich der Verein als einzige Seemannsmission im Bereich der Evangelischen Kirche in Berlin, Brandenburg und der Oberlausitz weiterhin dazu verpflichtet, sich für das Wohl der Seefahrer zu engagieren.
Nach Ende des Kommunismus 1989 knüpfte die Deutsche Evangelische Seemannsmission (Mitteldeutscher Zweig) e.V. erste Kontakte nach Estland, wo ab den 90er Jahren sie im Zusammenwirken mit anderen Ländern Aufbauarbeit für die Errichtung von estnischen Seemannsmissionen leistete.
Per Satzungsänderung entfiel 2007 der Zusatz "Mitteldeutscher Zweig". Die Deutsche Evangelische Seemannsmission e. V. (DESM), Berlin, bestand als Verein bis zum Sommer 2017 und wurde dann in eine Stiftung mit gleichen Zielsetzungen überführt. Die Stiftung Seemannshilfe - Deutsche Evangelische Seemannsmission hat sich auch für die Zukunft das ehrenamtliche Engagement für die Seefahrer in den Häfen der Ostsee auf die Fahnen geschrieben.